Innym problemem białek sojowych jest fakt, że w swoim składzie nie zawierają metioniny oraz cysteiny. Oba aminokwasy zawierają w swoim składzie siarkę, oba odgrywają ważną rolę w procesie syntezy struktur białkowych w organizmie, w funkcjonowaniu układu odpornościowego, oraz wytwarzaniu glutationu. Warto wiedzieć, że glutation jest jednym z najsilniejszych antyutleniaczy i zapobiega uszkadzaniu komórek ciała przez szkodliwe substancje. To właśnie dzięki niemu cholesterol LDL nie jest w stanie się utleniać i odkładać na ścianach naczyń krwionośnych. Wyniki wielu badań wykazały, że białka sojowe wykazują znacznie mniejszą skuteczność, niż serwatkowe pod względem wspomagania produkcji glutationu. Co więcej, podczas badania na szczurach naukowcy zauważyli, że podawanie soi nie wzbogaconej o metioninę poziom cholesterolu się podniósł, a część LDL wykazała podwyższony poziom utleniania.
Kolejny problem to obecność substancji anty-odżywczych, blokujących proces rozkładu i wchłaniania wielu składników Dwoma najważniejszymi z nich są lektyny aglutyniny) oraz inhibitory proteazy. Lektyny są obecne w wielu produktach roślinnych, a ich wpływ rozciąga się od zakłócania procesów trawiennych różnych substancji nawet do uszkadzania jelit.
Z kolei proteazy (m.in. trypsyna, chromotrypsyna) to enzymy wspomagające rozkładanie białek. Inhibitory proteaz zakłócają ich wpływy, powodując zaburzenia rozkładu i wchłaniania białek.
